PTA三役は、会長・副会長・書記・会計・監事の計9名の役員で構成されます。主な活動は、毎月一回開催する実行委員会があり、出席者は校長先生ほか学校側を代表する先生方、各部・各会の代表者など総勢三十名以上が集まります。そこでは、PTA全体に係わる活動について話し合われ、スムーズな活動に繋がるサポートをしています。
もう一つは、PTA総会の運営と進行があります。年度初めにPTA会員すべての皆様に、各部・各会のご紹介とお誘い、ご協力をお願いしています。そして年度末には、すべての活動について報告をして締めくくります。
また、各部・各会で催される活動へ積極的に参加し活動を盛り上げ、各委員の皆様から生の声をお伺いするなど交流を図っています。
その他、聖学院駒込キャンパスでは、小学校を含む三校合同の連絡会があり、各校の情報交換や合同で行う催しの企画運営を通し、聖学院全体の活性化を図っています。